食品微生物檢驗方法為食品監測不可少的重要組成部分。
首先，它是衡量食品衛生質量的重要指標之一，也是判定被儉食品能否食用的科學依據之一。
其次，通過食品微生物檢驗，可以判斷食品加工環境及食品衛生情況，能夠對食品被細菌污染的程度作出正確的評價，為各項衛生管理工作提供科學依據，提供傳染病和人類、動物的食物中毒的防治措施。
再次，食品微生物檢驗是以貫徹“預防為主”的衛生方針，可以有效池防止或者減少食物中毒和人畜共患病的發生，保障人民的身體健康；同時，它對提高產品質量，避免經濟損失，保證出口等方面具有政治上和經濟上的重大意義。
食品微生物檢驗的指標就是根據食品衛生的要求，從微生物學的角度，對不同食品所提出的與食品有關的具體指標要求。我國衛生部頒布的食品微生物指標有菌落總數、大腸菌群和致病菌三項。
1.菌落總數
菌落總數是指食品檢樣經過處理，在一定條件下培養后所得1a或1mL校樣中所含細菌苗落的總數。它可以反應食品的新鮮度、被細菌污染的程度、生產過程中食品是否變質和食品生產的一般衛生狀況等。因此它是判斷食品衛生質量的重要依據之一。
2.大腸菌群
包括大腸桿菌和產氣桿菌的一些中間類型的細菌。這些細菌是寄居于人及溫血動物腸道內的常居菌，它隨著大便排出體外。食品中如果大腸菌群數越多，說明食品受糞便污染的程度越大。故以大腸菌群作為糞便污染食品的衛生指標來評價食品的質量，具有廣泛的意義。
3.致病菌
致病菌即能夠引起人們發病的細菌。對不同的食品和不同的場合，應選擇一定的參考菌群進行檢驗。例如：海產品以副溶血性弧菌作為參考菌群，蛋與蛋制品以沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、變形桿菌等作為參考菌群，米、面類食品以蠟樣芽胞桿菌、變形桿菌、霉菌等作為參考菌群，罐頭食品以耐熱性芽胞菌作為參考菌群等等。
4.霉菌及其毒素
我國還沒有制定出霞菌的具體指標，鑒于有很多霉菌能夠產生毒素，引起疾病應該對產毒霉菌進行檢驗。例如：曲霉屬的黃曲留、寄生曲留等，青霉屬的桔青留青留等，鐮刀霉屬的串珠鐮刀舀、禾谷鐮刀霉等等。
5.其他指標
微生物指標還應包括病毒，如肝炎病毒、豬瘟病毒、雞新城疫病毒、馬立克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒，豬水池病毒等；另外，從食品檢驗的角度考慮，寄生蟲也被很多學者列為微生物檢驗的指標：如旋毛蟲、住肉袍子蟲、蛔蟲、肺吸蟲、弓形體、螨、姜片吸蟲、中華分枝睪吸蟲等等。
