微生物食品檢測是食品質量管理*的重要組成部分，它是貫徹“預防為主”的方針，可以有效地防止或者減少食物人畜共患病的發生，保障人民的身體健康。食品微生物檢驗是衡量食品衛生質量的重要指標之一，也是判定被檢食品是否食用的科學依據之一。通過食品微生物檢驗，可以判斷食品加工環境及食品衛生情況，能夠對食品被細菌污染的程度作出正確的評價，為各項衛生管理工作提供科學依據。
生產環境的檢驗：車間用水、空氣、地面、墻壁等。
原輔料檢驗：包括食用動物、谷物、添加劑等一切原輔材料。
食品加工、儲藏、銷售諸環節的檢驗：包括食品從業人員的衛生狀況檢驗、加工工具、運輸車輛、包裝材料的檢驗等。
食品的檢驗：對出廠食品、可疑食品及食物中毒食品的檢驗。
國內外開展微生物檢驗的食品種類較多，食品分類方法也不盡相同。總的來看涉及微生物檢驗的食品種類主要有：奶制品、預烹煮食品、飲用水、蛋制品、水果、谷物、嬰幼兒食品、肉及肉制品、軟體動物、禽肉、貝類、白明膠、香草（藥）、即食食品、罐頭食品、調味品，粉類制品、豆制品、冷凍飲品、糖果、海鮮、甜點、蔬菜、藻類、食療食品、米面制品等。
我國開展微生物檢驗的重點食品種類為：奶制品、罐頭食品、調味品、蛋制品、淀粉類制品、發酵和非發酵性豆制品、冷凍飲品、糖果、飲用天然礦泉水等，其中食糖以及保健品的微生物檢驗為我國所*。
